Arah dan tujuan yang terkandung di dalamnya oleh peserta di terima dengan segala senang hati. Maka dimulailah persiapan untuk Gereja di Sulawesi Tengah berdiri sendiri. Namun Perang Dunia meletus dan mendesak dengan lebih cepat untuk mengorganisasi Gereja di Sulawesi Tengah. Kedatangan Jepang membuat para penginjil di Sulawesi Tengah membentuk Klasis-klasis dan mengangkat ketua-ketua Klasis yang memimpin gereja semasa perang. Setelah perang selesai, maka dilaksanakanlah Sinode Pertama di Tentena pada 14-19 Oktober 1947 yang mengambil beberapa butir keputusan berkaitan dengan Tata Gereja, Badan Pengurus Sinode dan berdirinya Gereja Kristen Sulawesi Tengah (GKST) yang di tetapkan pada 18 Oktober 1947.

Sejak berdiri, GKST mulai menumbuhkan dan mengembangkan pelayanannya. GKST kemudian menjadi anggota Dewan Gereja se-Dunia pada tahun 1948 dan menyusul menjadi anggota Persekutuan Gereja-Gereja se-Indonesia (PGI) dua tahun kemudian.

Selanjutnya dibentuklah panitia-panitia yang mengurusi bidang-bidang pelayanan gereja seperti Teologi, Pekabaran Injil, Persekolahan dan Pendidikan, Perserikatan/Kategorial, Diakonia, Pernikahan dan Ketertiban dan Siasat, menata keuangan GKST dan lain sebagainya. Hasil dari situ adalah dibentuknya Yayasan Pendidikan dan Perguruan Kristen GKST, Sekolah Teologi merupakan kelanjutan Sekolah Guru Injil, Yayasan Pembangunan Masyarakat, Persatuan Bapak Kristen/Komisi Bapak Sinode, Persatuan Ibu Kristen/Komisi Wanita Sinode, Persekutuan Pemuda Kristen/Komisi Pemuda Sinode, Komisi Remaja Sinode didirikan pada ; Komisi Sekolah Minggu Sinode.

Sejak saat itu GKST terus berbenah diri untuk pelayanan penyelamatan kepada manusia secara utuh. Karena itu untuk selalu meninjau arah gerak mekar GKST, maka diadakanlah sidang-sidang Sinode yang diadakan beberapa tahun sekali. Sekarang ini GKST terdiri dari 27 klasis, yang berada di Sulawesi Tengah (Poso, Morowali, Tojo Una-Una, Parigi Moutong, dan Sigi/Donggala/Kodya Palu) dan Sulawesi Selatan (Luwu Utara dan Luwu Timur).